Penanganan pascapanen merupakan suatu rangkaian kegiatan budidaya. Kegiatan ini perlu mendapat perhatian dan dilakukan secara cermat serta hati-hati agar hasil yang akan dipasarkan tetap mempunyai kualitas yang baik dan mempunyai nilai ekonomi yang tinggi. Umbi bawang merah yang akan didistribusikan jarak jauh atau akan disimpan menunggu perkembangan harga, sebaiknya dipanen pada umur kematangan yang tepat.

Umumnya indeks panen yang digunakan untuk bawang merah adalah jumlah hari sejak tanam. Tanaman yang sudah dipanen berarti sudah terputus pula mekanisme penyerapan zat haranya. Akan tetapi, sebenarnya komoditi yang dipetik masih melangsungkan kehidupannya, yaitu berupa respirasi. Untuk mencegah agar hasil panen tidak cepat membusuk dan menurun mutunya, maka komoditi hasil panen harus dilindungi dari keadaan lingkungan yang merusak, seperti suhu dan kelembapan yang tinggi serta dari serangan mikroba pembusuk. Selain pengeringan, hal yang perlu diperhatikan yaitu penyimpanan, pengemasan dan pengangkutan.

Penyimpanan bawang merah harus dilakukan secara baik, karena umbi bawang merah mempunyai sifat mudah mengalami kerusakan. Jenis kerusakan yang sering terjadi selama penyimpanan, yaitu berupa pelunakan umbi, keriput, keropos, busuk, pertunasan, pertumbuhan akar dan tumbuhnya massa yang berwarna gelap akibat kapang. Kerusakan tersebut bisa diperkecil dengan memperhatikan faktor-faktor, antara lain  :

Bawang merah yang disimpan memiliki mutu yang baik dengan tingkat ketuaan yang optimum. Proses dehidrasi berlangsung dengan baik lakukan pengaturan kondisi ruang penyimpanan. Hal lain yang perlu dilakukan , yaitu perawatan umbi bawang merah setelah pengeringan dan selama penyimpanan.

Perlakuan tersebut, yaitu penurunan suhu bawang merah menjelang penyimpanan dengan cara menyimpan diatas lantai ruang terbuka selama 1-2 hari dengan tujuan untuk menurunkan panas lapang dari penjemuran. Perlakuan lainnya yaitu pemilihan umbi bawang merah dengan cara membuang umbi yang rusak akibat fisiologis, mekanis ataupun mikroorganisme pada waktu sebelum dan selama penyimpanan. Kondisi ruang harus disesuaikan dengan karakteristik bawang merah, yaitu suhu 20-23 derajat celcius dengan kelembapan 65-70 %, ventilasi yang memadai dan terpeliharanya kebersihan ruangan.
Ada beberapa cara penyimpanan yang dapat dilakukan terhadap bawang merah,antara lain :
 

1. Penyimpanan di atas perapian

Penyimpanan di atas perapian merupakan cara yang umum dilakukan oleh petani untuk penyediaan bibit bawang merah. Cara penyimpanan seperti ini lebih murah dan mudah dilakukan serta relatif dapat mempertahankan mutu. 

Cara yang digunakan sangat sederhana, yakni dengan membuat para-para dari bambu, kemudian bawang merah dalam bentuk ikatan diletakkan di atas sehingga bambu kelihatan terjepit oleh ikatan umbi. Para-para bambu tadi disusun bersilangan dengan jarak antar lapisan 30-40 cm. Cara lain, penyimpanan bawang diatas perapian yaitu dengan membuat langit-langit di atas perapian. Pada bagian tertentu dibuat lubang dengan diameter 40-50 cm. Pada bagian atas lubang dibuat cerobong yang terbuat dari anyaman bambu berdiameter lebih sedikit dari diameter lubang dan tinggi cerobong 1-1,5 meter. Bawang disusun berlapis mengelilingi cerobong sehingga membentu setengah lingkaran tanpa menutup bagian atas cerobong.

Penyimpanan di ruang berventilasi. Kondisi ruang yang baik adalah kondisi yang udaranya bersih. Kondisi seperti ini dapat dibuat dengan cara sirkulasi dan ventilasi udara yang memadai. Kondisi ini dapat mencegah serangan hama penyakit pada bawang merah. 

2. Di dalam ruang penyimpanan

Di dalam ruang penyimpanan yang berventilasi dapat di buat para-para dari bambu yang letaknya tersusun. Jarak antar para-para sekitar 30 cm. Bawang merah brangkasan yang diikat disimpan di atas bambu. Setelah 1-1,5 bulan penyimpanan , lakukan sortasi terhadap umbi bawang merah yang keropos, busuk atau terkena serangan hama penyakit. Selanjutnya, lakukan sortasi sesuai dengan keadaan umbi bawang merah.

Pengemasan. Pengemasan merupakan usaha yang efektif dalam melindungi umbi bawang merah dari penyebab kerusakan fisik, kimia, biologi maupun mekanis sehingga dapat sampai ke konsumen dalam keadaan sesuai keinginannya.
Beberapa persyaratan yang harus diperhatikan dalam pemilihan kemasan , antara lain:
 

Mudah diangkut,

Mudah disusun dalam pengangkutan

Dapat melindungi mutu dan kehilangan hasil

Memudahkan sistem penjualan, dan

Harganya memadai.

Jenis kemasan yang digunakan tergantung pada jauh dekatnya jarak tujuan. Untuk pengangkutan jarak dekat umumnya digunakan karung jala dengan kapasitas 90-100kg. Penggunaan kemasan seperti ini praktis dalam bongkar muat, akan tetapi mempunyai kecenderungan banyak menimbulkan kerusakan fisik dan mekanis karena tidak mempunyai kekuatan untuk menahan tekanan dari luar.

Kemasan yang umum digunakan untuk pengangkutan antar pulau yaitu keranjang bambu dengan kapasitas 50-60 kg. Keranjang bambu ini berbentuk bulat dengan ukuran diameter alas 30 cm dan diameter atas 40 cm serta tinggi kerajang bambu 60 cm. Dalam penggunaannya keranjang bambu dibungkus dengan karung jala.

Pengangkutan merupakan mata rantai penting dalam distribisi bawang merah. Kerugian dalam distribusi umumnya disebabkan oleh kerusakan komoditas akibat penanganan yang kasar. Pemuatan dan pembongkaran yang tidak hati-hati serta penggunaaan kemasan dan kondisi pengangkutan yang tidak memadai.